Nanosaur 2 bemutatja a figyelmet az ókori világ a dinoszauruszok. Azonban a hasonlóság véget ér ott. A repülő hüllő, a tudósok a kísérlet, amely fel van szerelve a tömegpusztító fegyverek. A játékos feladata csökken keresni a tojásokat más dinoszauruszok és elpusztítani az ellenséget.